Ubuntu10.10配置R環(huán)境的方法

　　在Ubuntu10.10系統(tǒng)中，有的用戶因工作需要得進行配置R環(huán)境，但還不清楚該如何配置。在這，小編就分享給大家配置R環(huán)境的方法。

　　方法如下：

　　向 /etc/apt/sources.list 中加入:

　　deb https://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/linux/Ubuntu maverick/

　　Secure apt

　　The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of "Michael Rutter " with key ID E084DAB9. You can fetch this key with

　　gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

　　and then feed it to apt-key with

　　gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

　　安裝完整的R system, 使用

　　sudo apt-get update

　　sudo apt-get install r-base

　　管理和維護R包

　　The R packages part of the Ubuntu r-base and r-recommended packages are installed into the directory /usr/lib/R/library.

　　The other r-cran-* packages shipped with Ubuntu are installed into the directory /usr/lib/R/site-library.

　　These can be updated using apt-get with

　　sudo apt-get update

　　sudo apt-get upgrade

　　整體分為三部分進行管理:

　　1. R本身 和一些庫 用 apt-get 進行更新

　　2. 官方推薦包 默認(rèn)存在于 /usr/lib/R/library 可用管理員權(quán)限下的 update.packages() 更新

　　3. 用戶安裝包 默認(rèn)存在于 /usr/lib/R/site-library 可用管理員權(quán)限下的 update.packages() 更新

　　如果用非管理員的用戶去裝包, 會裝到另外一個新文件夾中. 因為對以上目錄沒有寫權(quán)限.

　　如果用非管理員權(quán)限裝包, 會裝到另外一個新文件夾中. 因為對以上目錄沒有寫權(quán)限. 用管理員權(quán)限會默認(rèn)裝到 /usr/local/lib/R/site-library 里. 更新的時候亦然.

　　sudo gedit /etc/R/Rprofile.site # 修改默認(rèn)CRAN鏡像

　　手工安裝依賴了特別庫的包

　　安裝程序包'Cairo'時退出狀態(tài)的值不為0

　　安裝程序包'rgl'時退出狀態(tài)的值不為0

　　安裝程序包'XML'時退出狀態(tài)的值不為0:

　　安裝程序包'RCurl'時退出狀態(tài)的值不為0

　　安裝程序包'cairoDevice'時退出狀態(tài)的值不為0

　　安裝程序包'fftw'時退出狀態(tài)的值不為0

　　安裝程序包'rcdd'時退出狀態(tài)的值不為0

　　安裝程序包'rgdal'時退出狀態(tài)的值不為0

　　依賴rgl引起的:

　　installation of package 'ks' had non-zero exit status

　　installation of package 'feature' had non-zero exit status

　　installation of package 'flowCore' had non-zero exit status

　　installation of package 'flowViz' had non-zero exit status

　　安裝Cairo:

　　sudo apt-get install libcairo2-dev libxt-dev

　　然后install.packages("Cairo")即可

　　安裝cairoDevice:

　　sudo apt-get install r-cran-cairoDevice

　　安裝rgl包:

　　sudo apt-get install r-cran-rgl

　　安裝fftw包:

　　sudo apt-get install libfftw3-dev

　　然后install.packages("fftw")即可

　　安裝rcdd包:

　　sudo apt-get install libgmp3-dev

　　然后install.packages("rcdd")即可

　　安裝rgdal包:

　　sudo apt-get install libgdal-dev libproj-dev

　　然后install.packages("rgdal")即可

　　安裝XML包:

　　sudo apt-get install libxml++2.6-dev

　　然后install.packages("XML")即可

　　裝好以上就能裝RCurl了, 初步猜測可能是依賴libxml導(dǎo)致的.

　　安裝rimages包:

　　sudo apt-get install fftw-dev fftw2

　　然后install.packages("rimage")即可

　　安裝RKWard daily版

　　sudo add-apt-repository ppa:rkward-devel/rkward-dailys

　　然后

　　sudo apt-get update

　　sudo apt-get install rkward

　　sudo apt-get dist-upgrade

　　即可安裝RKWard daily版.

　　以上就是小編總結(jié)的配置R環(huán)境的方法了。有需要的友友們可以根據(jù)步驟好好地進行操作，光看不練是掌握不了方法的哦。